Но осенью 1989 года в Чехословакии прекратил существование коммунистический режим и начался возврат к демократии и капитализму. В том году все же было выпущено 182600 автомобилей Skoda. Но уже в феврале 1990 года завод начал испытывать первые трудности. И вот во вторник 2 февраля завод выпустил 212 машин Favorit, в среду - 57, а в четверг - ни одного. Виновником оказался президент Вацлав Гавел, подписавший закон об амнистии. На многих предприятиях, в том числе и на Skoda, работали заключенные, и 4 февраля на основных производствах работать стало некому. Остановились главный конвейер, прессовые и кузнечные цехи. Вслед за заключенными завод покинули 1500 вьетнамских рабочих.
За решение проблем завода взялось правительство. Оно пошло на беспрецедентный шаг - было решено продать завод заграничному инвестору. Начались поиски партнера. В общей сложности на эту роль претендовали 24 фирмы. Среди них были BMW, GM, Renault. Но наиболее приемлемые условия предложил Volkswagen.
Правительство оценило завод в DM800 млн, немецкому концерну были проданы акции на сумму DM300 млн.
Новый партнер Volkswagen предложил сохранить производство модели Favorit, поднять ее качество, а со временем провести рестайлинг. Параллельно за 4 года подготовить к производству новый автомобиль более высокого, в данном случае среднего класса.
О том, что получилось в результате этой политики, сегодня знают все. В 1994 году Favorit превратился в Felicia. Торжество по случаю начала серийного выпуска автомобиля прошло на Карловом мосту в Праге. Приматор пражский Ян Коукал (Jan Koukal) окрестил новую модель старым именем Felicia. Крещеная машина была тут же подарена молодой семье Ондрачковых (Ondrackov), у которых на днях родилось сразу четверо детей.
В 1994 году было выкуплено уже 60% акций, в 1995 - 70%, а в мае 2000 года предприятие полностью стало принадлежать Volkswagen (последние 30 процентов акций обошлись в DM 650 млн.).
С тех пор продано более 600,000 машин Skoda.
Следующая страница истории фирмы Skoda называется Octavia. В сентябре 1996 года началось производство автомобилей Skoda Octavia. Это первый автомобиль, построенный на платформе, разработанной концерном Volkswagen.
В марте 1998 года были представлены обновленные версии (фэйслифтинг) моделей Skoda Felicia и Skoda Felicia Combi и универсал Skoda Octavia Combi.
В конце 1999 года выпущена новая модель, которую назвали Fabia.
В 2001 году Skoda представила обновленную Skoda Superb.
Сейчас на предприятии Skoda Auto работает около 18,000 человек, а треть всех рабочих мест Чешской республики так или иначе существуют благодаря деятельности этого предприятия. 80% автомобилей Skoda идет на экспорт в 64 страны мира, обеспечивая около 9,6% всех экспортных операций Чешской республики.